מוזיאון חצר הישוב הישן ע"ש יצחק קפלן נמצא בירושלים העתיקה, ברובע היהודי ש"בין החומות". הכניסה למוזיאון היא צרה מאוד ואפלולית, עם תקרה מעוגלת בצורת חבית ובה יש שלוש כניסות. כניסה אחת מובילה לחצר פנימית אחת, הכניסה השניה לחצר נוספת והדלת השלישית לחדר אופייני שבו גרה משפחה. ממול לכניסה גרם מדרגות לקומה העליונה. כבר מן הרגע הראשון התחושה היא מסתורית של מפגש עם עולם אחר. הבנין הוא כנראה מהמאה ה-15 או ה-16. לפי כל הסימנים הבנין עומד על חורבות בנין עתיק יותר. לצערנו לא נעשתה בו חפירה ארכיאולוגית או עבודת מחקר. עפ"יי המסורת בעל-פה באחד מחדריו נולד רבי יצחק לוריא - האר"י הקדוש בשנת 1534, גדול חכמי ה"קבלה" בכל הזמנים. לפי אחת הגרסאות: הוא חי במקום הזה עד גיל עשרים. מכאן הוא נסע לאלכסנדריה במצרים ללמוד מסחר. בגיל 36 הוא רצה לחזור לירושלים אבל לא יכול היה בגלל פרעות ביהודים. לכן הוא התיישב בצפת הקים מרכז "קבלה" חי שם שנתיים ומת במגפה. במשך הדורות הפך אותו החדר לבית-כנסת מוסווה. בתקופת השלטון העות'ומני (תורכי) אסור היה להקים בתי-כנסת או כנסיות חדשים או לשפץ אם היה צורך בבדק בית. היהודים סידרו את החדר כאילו היה בית-קפה או חדר של משפחה: מחצלות על הרצפה ומזרונים מסביב לקירות. אחד המתפללים היה שומר בכניסה ומודיע אם מתקרב שוטר טורקי. אם ראו שוטר בסביבה מיד היו מחביאים את ספרי הקודש מדליקים נרגילות, שותים קפה ומשחקים שש-בש.

בשנת 1856 נחתם הסכם השלום בקרים - בין חמש המעצמות הגדולות: רוסיה, אוסטריה, פרוסיה, צרפת ובריטניה לבין תורכיה,ובכך חל שינוי משמעותי בחיי הנוצרים והיהודים בארץ הקודש ובעיקר בירושלים. בהתאם להסכם עם חמש המעצמות הגדולות, לראשונה מזה 500 שנה, יכלו נוצרים לרכוש אדמות בירושלים ולהקים את מוסדותיהם בהם: קונסוליות, כנסיות, בתי-ספר, בתי-חולים ומנזרים.

לאחר הקמת הקונסוליות הזרות והתבססותם בעיר, הנפיקו הקונסולים דרכונים זרים לקהילות הנוצריות והיהודיות. מי שקיבל דרכון זר החוק הטורקי לא חל עליו, לראשונה הופיעו בבתי הכנסת רהיטים בסגנון יהודי-ספרדי: במה במרכז, ספסלים מסביב וארון קודש הפונה לכיוון הר הבית (מסגד עומר). בית הכנסת האר"י פעל עד שנת 1936 ופעילותו לא חודשה מאז. בשנה זו התחילו המאורעות, פוגרומים של הערבים ביהודים, אשר נמשכו עד פרוץ מלחמת העולם השנייה ובמהלכן נשרף ונבזז בית הכנסת. ש"י עגנון סופר ישראלי, זוכה פרס נובל לספרות, מתאר בנובלה שלו "תהילה" את שרפת בית הכנסת.